1998年5月-2007年5月：融入国民高等教育体系

2000年，学校进一步深化教育教学改革和内部管理体制改革，全面推进素质教育，实施全面学分制，增设了政治学与行政学、劳动与社会保障2个本科专业，并成立了高等职业技术学院。2003年，增设了国际经济与贸易、广播电视学、汉语言文学3个本科专业。同年，学校获得硕士学位授予权，办学层次迈上新台阶。自2004年起，学校开始招收刑法学、马克思主义理论与思想政治教育专业的硕士研究生。2005年，增设社会学、英语、财务管理3个本科专业。2006年，新增马克思主义哲学、世界经济、经济法学、社会学、新闻学等5个硕士学位专业。至此，学校拥有13个学士学位专业、8个硕士学位专业，涵盖哲学、法学、管理学、经济学、文学5个学科门类。

2005年9月，中国青年政治学院建院20周年之际，中央政治局委员、全国人大常委会副委员长王兆国同志来学校视察工作，并亲切看望师生员工。2006年，学校成立我国内地高校首个社会工作学院，成立中国马克思主义学院和中国马克思主义研究中心，与北京市合作成立青少年生命教育基地。同年，学校以接受教育部本科教学工作水平评估为契机，抢抓机遇，乘势而上，在评建工作中提高认识、加强建设、规划未来。通过迎评促建，全校上下认真总结办学经验、办学成绩和办学特色，进一步明确了办学指导思想，凝炼了办学特色，加强了教学基本建设，提升了教学管理和服务水平，推动了和谐校园建设。2006年11月教育部专家组进校开展本科教学工作水平评估，2007年5月教育部确定评估结论为“优秀”。

这一阶段，团干部培训范围不断扩大，培训领域不断拓展，涉外培训项目逐步扩大并完善，在山东、江苏、内蒙古、河南等地建立5个校外培训基地，干部培训的教学能力和管理能力有效提高。